Rapports automatisés avec Rmarkdown (à distance)
Thème :
Produire et publier : production et traitement du document numérique, édition électronique, publication scientifique, propriété intellectuelle
Objectifs
Produire, de façon automatisée, des documents de travail contenant du texte, du code R, et les sorties de
ces codes R, tout en s’inscrivant dans une démarche de travail reproductible. Les documents pourront être
générés en format HTML, word ou PDF.
Programme
1. Introduction à R markdown
Programmation lettrée
Crise de la reproductibilité
Principe de R markdown
2. Script Rmarkdown
Structure : en-tête, texte, chunk
Formats de sortie : html, word, pdf
Premier rapport dynamique : bouton knit
3. Gestion des éléments de texte
Formatage : gras, italique, insertion de ligne
Les listes : numérotées, non numérotées
Les titres et leur numérotation
La table des matières
Exercices
4. Insertion d’éléments
Les images
Les tables
Les liens hypertexte
Les notes de bas de page
Les équations
Les références bibliographiques
Exercices
5. Gestion du code R
Options d’affichage du code
Options d’affichage des sorties
Les graphiques
Les tables de données
Les options par défaut
Exercices
Pour suivre cette formation, il est nécessaire :
• de disposer de la dernière version de R installée sur son PC portable (version 3.6.2 au 08/01/2020)
• de disposer d’une version récente de R Studio installée sur son PC portable (dernière version disponible
Version 1.2.5033 au 08/01/2020)
• d’installer les packages rmarkdown, bookdown, tinytex, tidyverse, kableExtra et here.
• de lancer la commande suivante dans la console R :
tinytex : : install_tinytex()
Prérequis
Se munir d'un portable équipé de R et Rstudio / Maîtriser les bases de R : savoir importer un jeu de données ; définir le répertoire courant ; charger et installer des packages, etc. ; connaître les bases de la syntaxe du langage R ; savoir faire quelques graphiques simples
Public concerné
Enseignant du supérieur, chercheur Doctorant